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苹果自动清理短信后恢复的方法取决于具体情况，可以尝试以下几种方法。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份过手机数据，那么可以通过iTunes备份恢复功能来找回短信，具体步骤为连接iPhone到电脑，打开iTunes并识别设备后进行备份恢复，但这种方法可能无法恢复近期删除的短信。
2、iCloud备份恢复：如果使用了iCloud备份，可以尝试通过iCloud备份恢复来找回短信，具体步骤为设置新的iPhone时选择iCloud备份，或者在设置中找到“通用”选项并点击“还原”选项中的“从iCloud备份恢复”，但这也取决于备份的时效性和备份中是否包含短信数据。
3、数据恢复软件：可以尝试使用数据恢复软件来找回被清理的短信，这些软件可以扫描手机中的残余数据并尝试恢复，但请注意选择信誉良好的软件，避免下载恶意软件或泄露个人信息。
如果以上方法均无法恢复，那么可能无法找回被自动清理的短信，为了避免再次丢失重要短信，建议定期备份手机数据，还可以考虑设置短信同步功能或使用云服务来备份短信数据，以上方法仅供参考，具体操作可能会因手机型号或系统版本不同而有所差异，如果遇到困难，建议寻求专业技术人员的帮助。